教育局為本地公營（包括特殊學校）和直接資助計劃（直資）學校提供財政支援，鞏固姊妹學校之間發展長期而穩定的伙伴關係，以豐富學生的學習經歷、促進教師專業發展，以及推動學校的持續發展。
促進香港與內地姊妹學校交流試辦計劃 (於 2015/16 至 2017/18 學年推行)
為推動兩地姊妹學校交流，教育局於 2015/16 學年起推行一項為期3年的「促進香港與內地姊妹學校交流試辦計劃」（試辦計劃），為與內地學校締結為姊妹學校的公營及直資學校提供財政及專業支援。試辦計劃獲得學校的積極回應，評價正面。
姊妹學校計劃津貼 (於 2018/19 至 2024/25 學年接受申請)
為進一步促進姊妹學校活動的持續及多元發展，自 2018/19 學年起，教育局將試辦計劃恆常化，為已與內地學校締結為姊妹學校的本地公營（包括特殊學校）及直資學校提供經常性姊妹學校計劃津貼及專業支援。2024/25學年的姊妹學校計劃津貼金額為165,439元。
全方位學習及姊妹學校津貼 (由 2025/26 學年起向公帑資助學校發放)
為讓學校更有效地作整體規劃及靈活運用資源，教育局由 2025/26 學年起，將姊妹學校計劃津貼、全方位學習津貼及戶外教育營計劃津貼整合為全方位學習及姊妹學校津貼。